L'oeuvre de Benjamin Stora se confond pour partie avec la mémoire et l'histoire de la guerre d'Algérie. Un de ses grands thèmes de recherche, intimement lié à son parcours individuel tel qu'il le relate dans trois de ses ouvrages. Dans Les Clés retrouvées, il évoque son enfance juive à Constantine et le souvenir d'un monde qu'il a vu s'effondrer ; dans La Dernière Génération d'Octobre, son militantisme marqué très à gauche avec son cortège de désillusions. Les Guerres sans fin témoignent d'un engagement mémoriel qui se fonde sur une blessure collective et personnelle que seules la recherche et la connaissance historiques peuvent aider à panser.
Benjamin Stora a étudié en ce sens le rôle spécifique joué par les grands acteurs de ce conflit singulier. Dans Le Mystère de Gaulle, il analyse l'attitude de ce dernier lors de sa prise du pouvoir en 1958 et sa décision d'ouvrir des négociations avec les indépendantistes en vue d'une solution de compromis associant de manière originale la France et l'Algérie. Dans François Mitterrand et la guerre d'Algérie, écrit avec François Malye, il montre les contradictions de celui qui, avant de devenir un adversaire de la peine de mort, la fit appliquer sans hésiter en 1957 en tant que ministre de la Justice au détriment des Algériens. C'est enfin de la longue histoire des juifs en terre algérienne qu'il est question dans Les Trois Exils.
Cet ensemble, qui porte la marque d'un historien majeur, permet de mieux comprendre la genèse, le déroulement et l'issue d'une tragédie où se mêlent un conflit colonial livré par la France, un affrontement nationaliste mené par les indépendantistes algériens et une guerre civile entre deux communautés résidant sur un même territoire. Ce sujet, resté sensible pour nombre de nos compatriotes, continue d'alimenter des deux côtés de la Méditerranée des débats passionnés.