Jacob Portman, seize ans, écoute depuis son enfance les récits fabuleux de son grand-père. Ce dernier, un juif polonais, a passé une partie de sa vie sur une minuscule île du pays de Galles, où ses parents l'avaient envoyé pour le protéger de la menace nazie. Le jeune Abe Portman y a été recueilli par Miss Peregrine Faucon, la directrice d'un oprphelinat pour enfants "particuliers". Abe y côtoyait une ribambelle d'enfants doués de capacités surnaturelles, censées les protéger des "Monstres".
Un soir, Jacob trouve son grand-père mortellement blessé par une créature qui s'enfuit sous ses yeux. Bouleversé, il part en quête de la vérité sur l'île si chère à son grand-père. En découvrant le pensionnat en ruines, il n'a plus aucun doute : les enfants particuliers ont réellement existé. Mais étaient-ils dangereux ? Pourquoi vivaient-ils ainsi reclus, cachés de tous ?